Die Handschriftensammlung der ULB ist historisch gewachsen. Abgesehen von den Stücken, die einst für Lehrzwecke erworben wurden oder aus dem Lehrbetrieb stammen, umfasst die Sammlung auch Säkularisationsgut aus dem 19. Jahrhundert, Handschriften aus der Bibliothek von Johann August von Ponickau, Bestände des Thüringisch-Sächsischen Geschichtsvereins sowie der Stifts- und Gymnasialbibliothek Quedlinburg. Nach dem zweiten Weltkrieg wurde die Sammlung durch die Übernahme von Bibliotheksgut privater oder kirchlicher Träger erweitert.
Die ULB besitzt etwa 320 mittelalterliche Handschriften. Etwa die Hälfte davon ist bereits digital verfügbar, darunter die Handschriften aus der Quedlinburger Stiftsbibliothek und die deutschsprachigen mittelalterlichen Handschriften.
Die ULB Sachsen-Anhalt hat mit rund 300 Exemplaren eine der größten Stammbuchsammlungen in Deutschland. „Alba Amicorum“ entstanden während der Reformationszeit im Universitätsmilieu, als Studenten ihre akademischen Lehrer um Widmungseinträge in Ihre (Lehr-)Bücher baten. Aus dieser Tradition entwickelte sich eine eigene Buchform, in der Widmungseinträge von Professoren und Kommilitonen, Freunden und Verwandten zusammengestellt wurden. Die Alben der ULB haben meistens einen regionalen Bezug.
Die Musikhandschriften der ULB umfassen an die 3000 Titel. Besonders prominent sind die Stücke der „Musikbücherei Arno Werner“ (1965-1955), die Abschriften von Werken bekannter Komponisten wie Beethoven, Mozart, Haydn, Bach, Hasse und Komponisten aus Mitteldeutschland enthält.